As mortes ocorreram entre julho e setembro num condado do estado de Warrap, indicou o comissário Victor Wek Koor à agência de notícias AP.
Entre as vítimas encontram-se crianças que se afogaram quando uma casa colapsou, explicou.
Oficiais de outras regiões não citaram mortes relacionadas com as inundações.
Os estados de Unity e Jonglei estão entre os locais mais afetados.
Segundo o ministro da Informação, Michael Makuei, a residência do Presidente, Salva Kiir, no estado de Warrap, no noroeste do Sudão do Sul, está inundada.
Um grupo chefiado pelo primeiro vice-presidente Riek Machar declarou, na semana passada, uma emergência nacional devido às inundações no país.
O comissário Wek disse à AP que 17.000 pessoas foram deslocadas devido às cheias em Warrap, onde vivem mais de 240.000 pessoas. Os sem-abrigo estão a refugiar-se em zonas montanhosas e ao longo de estradas.
Deng John, um residente do condado Gogrial West, que perdeu uma irmã nas inundações, descreveu a situação vivida como um "desastre".
O Sudão do Sul é particularmente propenso a cheias quando o rio Nilo excede as suas margens.
As inundações provocaram a deslocação de cerca de 426.000 pessoas em todo o país desde maio, segundo o Escritório das Nações Unidas para a Coordenação de Assuntos Humanitários (OCHA).
O Programa Alimentar Mundial das Nações Unidas (PAM) comunicou, no início de setembro, que tinha suspendido a ajuda alimentar a mais de 100.000 pessoas deslocadas no país, alertando para novas reduções, devido à falta de dinheiro.
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