O procurador-geral adjunto Daniel Sanches foi o primeiro diretor do DCIAP e aquele que menos tempo esteve no cargo (1999-2001). Quando saiu, para ingressar na banca privada ((Banco Português de Negócios -  BPN), afirmou que a "lentidão da justiça" tinha contribuído para a opção de deixar o DCIAP.

Fontes judiciais disseram na altura à Lusa que o departamento se debatia com falta de meios.

A procuradora-geral adjunta Maria Cândida Almeida substituiu Daniel Sanches e até ao momento é a magistrada que ocupou o cargo durante mais tempo: 12 anos (2001-2013).

Num balanço dos seus primeiros anos de mandato como diretora do departamento do Ministério Público que investiga os processos complexos, nomeadamente de criminalidade económica e financeira, Cândida Almeida referiu "o trabalho importante na fuga ao fisco".

Na Operação Furacão, o DCIAP investigou uma "teia" em que empresas, através de bancos ou grupos de advogados, criavam empresas-fantasma que simulavam negócios que não existiam, conseguindo com isso fugir aos impostos, branqueando capitais.

Cândida Almeida garantiu a este propósito, em 2010, que o Estado já tinha recuperado 100 milhões de euros.

Outro caso investigado pelo DCIAP foi o Freeport, que teve na sua origem suspeitas de corrupção e tráfico de influências na alteração à Zona de Proteção Especial do Estuário do Tejo e licenciamento do espaço comercial em Alcochete quando era ministro do Ambiente José Sócrates, mais tarde primeiro-ministro.

O processo Portucale, relacionado com o abate ilegal de sobreiros na Herdade da Vargem Fresca, em Benavente, levou à acusação de uma dezena de pessoas, incluindo o ex-dirigente do CDS Abel Pinheiro. Envolveu crimes como tráfico de influências, abuso de poder e falsificação de documentos também esteve sob a sua alçada.

Processos como os das chamadas máfias de leste em que grupos criminosos semeavam uma cultura de terror e subjugação, o caso BPN - que levou prisão preventiva o seu presidente José Oliveira e Costa por suspeitas de práticas fraudulentas -, ou os que envolveram políticos como Duarte Lima ou Isaltino Morais foram investigados por este departamento.

A eventual passagem pela Base das Lajes (Açores) de voos da CIA com prisioneiros para Guantánamo levou à abertura de um inquérito-crime pelo DCIAP.

Cândida Almeida saiu do DCIAP já durante o mandato de Joana Marques Vidal como procuradora-geral da República, em 2013.

O seu sucessor, Amadeu Guerra (na fotografia ao lado de Joana Marques Vidal), assumiu funções nesse ano e permaneceu até ao início de 2019.

No seu primeiro discurso como diretor do DCIAP, Amadeu Guerra considerou o combate à criminalidade complexa uma prioridade e disse ser preciso "competência técnica, rigor e capacidade" para diminuir a "crise de desconfiança" na Justiça.

Além de ter herdado processos anteriores como o BPN e a Operação Furação, foi durante o mandato de Amadeu Guerra que eclodiu um dos maiores escândalos financeiros em Portugal -- o caso BES, que levou à constituição de arguidos do então presidente do Banco Espírito Santo, Ricardo Salgado, e vários administradores do grupo Espírito Santo.

Casos mediáticos que ficam associados à sua passagem pelo DCIAP são ainda o processo que levou à prisão preventiva do ex-primeiro-ministro José Sócrates (Operação Marquês), o processo dos vistos Gold bem como casos que envolveram figuras de topo do regime angolano, como Manuel Vicente (operação Fizz), Álvaro Sobrinho e general Manuel Helder Vieira "Kopelika".

Durante a sua liderança, o DCIAP investigou casos como os vistos Gold por suspeitas de crimes de prevaricação e tráfico de influências ou o desaparecimento das armas em Tancos.

Amadeu Guerra, entrevistado pela Lusa 2016, falou da violação do segredo de justiça, uma questão que gerou debate na sociedade, considerando que "prejudica, de forma substancial, a investigação".

Um relatório da Procuradoria-Geral da República apontava então o DCIAP como o departamento onde ocorreu o maior número de casos de violação de segredo de justiça.

Em 2019, Amadeu Guerra deixou o Departamento Central de Investigação e Ação Penal para substituir Maria José Morgado no cargo de procurador-geral Distrital de Lisboa.

Desde 22 de janeiro que Albano Morais Pinto é o novo diretor do DCIAP.

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