Mbeki, que sucedeu ao ícone anti-'apartheid' Nelson Mandela em 1999, disse que a África do Sul enfrenta níveis insustentáveis de pobreza e de desemprego.
"Um dos meus medos, camaradas, é que um desses dias nós(...) teremos a nossa própria versão da Primavera Árabe", disse Mbeki numa homenagem a Jessie Duarte, secretário-geral adjunto do Congresso Nacional Africano, que morreu no passado fim de semana devido a um cancro.
O fator que desencadeou a Primavera Árabe foi o suicídio por imolação de um vendedor ambulante tunisino, Mohamed Bouazizi, assediado pela polícia na Tunísia.
A sua morte marcou o início de uma revolta nacional que levou à fuga do ditador Zine el-Abidine Ben Ali para o exílio e provocou as revoltas da "Primavera Árabe" em 2011.
"Um dos meus medos é que um dia desses aconteça connosco", disse Mbeki, que deixou a Presidência em 2008.
"Não se pode ter tantos desempregados, tantos pobres, pessoas confrontadas com esta anarquia", e líderes "corruptos", disse, advertindo: "Um dia vai explodir".
Mbeki criticou o governo do Presidente Cyril Ramaphosa pela falta de um plano nacional para combater a pobreza, a desigualdade e o desemprego, que é superior a 34,5%, e o desemprego juvenil, que está nos 64%.
Cyril Ramaphosa não participou na cerimónia fúnebre, à qual assistiu o vice-presidente David Mabuza.
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