Os agentes estavam a retirar de uma barragem no norte do Estado de Chihuahua, depois de um confronto com manifestantes que protestavam contra a cedência de água aos EUA, ao abrigo de um acordo de 1944.
Na sua conta na rede social Twitter, a Guarda Nacional adiantou que tinha recolhido provas do envolvimento dos seus membros no tiroteio.
Os agentes argumentaram que quatro veículos estavam a segui-los, quando se encontravam a transportar três detidos nos protestos, nos quais os manifestantes assumiram o controlo da barragem e expulsaram os guardas.
Inicialmente, a Guarda Nacional afirmou que tinham sido disparados tiros dos veículos e que tinham sido disparados tiros em resposta, do que resultou a morte da mulher e ferimentos graves num homem.
Mas o comandante da Guarda Nacional mexicana, mais tarde, classificou a morte da mulher como "um acidente lamentável".
A instituição adiantou que está em curso uma investigação ao caso por parte de procuradores civis.