Os factos ocorreram na segunda-feira no Instituto Sahjanand Girls, na cidade de Bhuj, no Estado de Gujarat (oeste da Índia), um estabelecimento administrado pela seita hindu Swaminarayan.
A averiguação começou com a descoberta de um penso higiénico usado num jardim em frente à universidade.
Segundo o regulamento interno da universidade, as jovens são proibidas de permanecerem em residências de estudantes durante o período menstrual e obrigadas a isolarem-se numa cave, assim como a afastarem-se da cozinha e do local de culto.
Durante as aulas, as jovens também devem sentar-se no fundo da sala de aula.
Funcionários da universidade alinharam 68 estudantes numa casa de banho e ordenaram que as jovens se despissem, uma a uma, relataram os estudantes à imprensa local.
"Não há palavras para descrever a humilhação que nós vivemos", indicou aos jornalistas uma estudante que estava entre as jovens que manifestaram a sua indignação na quinta-feira diante do estabelecimento.
A universidade lançou uma investigação e indicou que pode tomar medidas contra os seus funcionários que iniciaram a verificação.
"As raparigas foram informadas dos regulamentos da residência antes de serem admitidas", explicou o responsável da universidade, Pravin Pindoria, à agência de notícias France-Presse.
"Convoquei uma reunião do conselho administrativo que tomará tomar medidas contra as pessoas responsáveis", acrescentou.
A menstruação continua a ser um tabu profundamente enraizado na Índia. Em algumas zonas rurais, as mulheres têm de viver longe da comunidade durante o seu período menstrual e também são proibidas de entrar em determinados templos.