Inicialmente, o Tribunal Administrativo e Fiscal de Penafiel tinha dado razão à junta, condenando a Infraestruturas de Portugal e o Instituto da Mobilidade e dos Transportes a retirarem da estação o nome de "Vila das Aves" e a colocarem novamente o nome de "Vila das Aves/Negrelos".
Aquele tribunal entendeu que a alteração da designação da estação era "destituída de fundamento e razões de interesse público relevantes", considerando que aqueles dois organismos públicos deveriam ter mantido o nome que existia, respeitando a história da estação.
No entanto, a Infraestruturas de Portugal recorreu para o Tribunal Central Administrativo do Norte que revogou a sentença, absolvendo os réus do pedido.
Inconformada com a decisão, a junta de Negrelos interpôs recurso para o Supremo Tribunal Administrativo, o qual não foi admitido, colocando um ponto final no processo.
De acordo com o tribunal, os réus decidiram alterar o nome da estação por não terem recebido resposta da Câmara de Santo Tirso, onde se solicitava informação sobre o nome que se deveria adotar.
Os motivos justificativos para a alteração do nome da estação prendiam-se fundamentalmente com a delimitação geográfica e administrativa das freguesias de Vila das Aves e de São Tomé de Negrelos, dado o edifício da estação se encontrar implantado em terrenos pertencentes, exclusivamente, à freguesia de Vila das Aves e o traçado do caminho-de-ferro, naquela zona, atravessar apenas terrenos pertencentes àquela freguesia.
O nome de Negrelos na estação de caminho-de-ferro remonta a 1883, data da inauguração da estação com o nome "estação de Negrelos", apesar de sempre se ter situado na freguesia de São Miguel das Aves.
Na década de 60, a estação adotou o nome de "Vila das Aves -- Negrelos" e assim foi durante mais de cerca de quatro décadas, até à requalificação da estação cuja inauguração ocorreu em janeiro de 2004.
