Manuel Clemente tomou posse a 06 de julho de 2013, na Sé de Lisboa, em plena crise política no Governo, causada pela "irrevogável" demissão de Paulo Portas, e não deixou escapar a oportunidade de apelar para o fim das divergências pessoais em prol do bem comum, apresentou-se aos fiéis como "servidor" da diocese e prometeu promover uma renovação.

Na missa de apresentação, que se realizou no dia seguinte, no Mosteiro dos Jerónimos, Manuel Clemente, que tinha deixado o cargo de bispo do Porto, desafiou os portugueses a inspirarem-se na resistência das gentes do norte.

Ao Presidente da República e ao primeiro-ministro, que marcaram presença na cerimónia e foram aplaudidos efusivamente, pediu "uma resposta capaz de não deixar ninguém para trás".

Ao longo do ano pediu por várias vezes solidariedade e atenção aos mais pobres, denunciou falhas no financiamento da economia e alertou para a necessidade de os portugueses serem "mais modestos" nas despesas, e de os sacríficos serem pedidos a quem pode.

Foi já no seu patriarcado que o Vaticano lançou um inquérito destinado a conhecer a realidade familiar nos dias de hoje, constituído por 39 perguntas, que abordavam questões tão sensíveis para a Igreja como o casamento dos divorciados, as uniões entre pessoas do mesmo sexo, a natalidade ou a contraceção.

Para novembro de 2016, Manuel Clemente convocou a realização de um sínodo diocesano em Lisboa, inspirado pela exortação apostólica do papa Francisco, "A Alegria do Evangelho", sobre a necessidade de a Igreja ir ao encontro dos pobres e esquecidos.

Manuel Clemente, de 64 anos, aguarda ainda a sua criação como cardeal. Habitualmente, o papa nomeia os patriarcas como cardeais eleitores no primeiro consistório após a tomada de posse, mas, no caso de Manuel Clemente, o primeiro consistório ocorreu quando o patriarca emérito José Policarpo era ainda cardeal eleitor. É habitual não existirem dois cardeais eleitores na mesma diocese.

Enquanto presidente da Conferência Episcopal Portuguesa, cargo para o qual foi eleito em abril, Manuel Clemente questionou a legislação portuguesa sobre o aborto e o casamento entre pessoas do mesmo sexo, e manifestou "muitas dúvidas" de que as alterações legislativas ocorridas "correspondam, efetivamente, à convicção da maioritária do povo português".

Os bispos portugueses sublinharam, em encontros daquela estrutura, que estas alterações legislativas não são irreversíveis.

O patriarca de Lisboa mostrou-se também favorável à realização de um referendo à coadoção e adoção de crianças por casais do mesmo sexo, bem como o "total em desacordo" com a proposta sobre a legalização maternidade de substituição, conhecida como "barriga de aluguer".

Manuel Clemente recebeu ainda em Lisboa o Patriarca Latino de Jerusalém, Fouad Twal, que, na véspera da visita do papa à Terra Santa, alertou em Portugal para as perseguições de que são vítimas os cristãos naquela região do mundo.

Manuel Clemente foi nomeado patriarca a 18 de maio, pelo papa Francisco.