Na investigação do caso de Tancos, os procuradores do processo quiseram ouvir o Presidente da República e o primeiro-ministro, sobre os factos que envolvem a Polícia Judiciária Militar no achamento das armas furtadas, mas o diretor do Departamento Central de Investigação e Ação Penal e a Procuradora-Geral da República opuseram-se, naquilo que foi visto como um conflito entre a autonomia dos procuradores e a obediência à hierarquia.
Na última sessão do CSMP, o advogado Augusto Arala Chaves manifestou a sua preocupação sobre as notícias que falavam da interferência da hierarquia na investigação criminal solicitando a discussão do tema, tendo tido o apoio dos seus colegas Magalhães e Silva e Castanheira Neves.
A procuradora-geral da República Lucília Gago entende que a decisão do diretor do DCIAP foi tomada no uso das funções diretivas, que consta do estatuto do Ministério Público.
O sindicato do setor, por sua vez, já advertiu que "sem autonomia interna, a autonomia externa do Ministério Público corre o risco de se transformar numa fraude para o povo em nome do qual a justiça é administrada".
Sem aludir expressamente ao caso de Tancos, o Sindicato dos Magistrados do Ministério Público apelou à procuradora-geral República e ao CSMP para que "determinem a proibição e correspondente punição de práticas ilegais que são e serão sempre insustentáveis" tanto no quadro legal vigente como com a entrada em vigor do novo Estatuto do MP.
No entender do SMMP, os superiores hierárquicos podem dar instruções genéricas sobre o tratamento processual de certo tipo de casos, mas "cabe ao magistrado do MP a decisão se cada caso concreto deve efetivamente ter tratamento processual conforme ou não às diretivas da hierarquia".
No processo penal, salienta a estrutura sindical, a direção da investigação criminal e do inquérito, bem como o exercício da ação penal, são "poderes-deveres do magistrado titular do respetivo processo".
O CSMP é formado por 18 membros, entre procuradores, membros eleitos pela Assembleia da República e membros designados pela ministra da Justiça e é presidido pela procuradora-geral da República.
