Além da vice-presidente da Assembleia da República, Teresa Caeiro, o funeral não teve a presença de nenhum membro do governo, nem de líderes partidários.
O funeral iniciou-se com os sinos a tocar durante cerca de cinco minutos, tendo depois a homilia sido proferida pelo atual bispo de Setúbal, José Ornelas.
Muitas pessoas presentes no Largo do Mosteiro não puderam entrar e assistiram às cerimónias através de três ecrãs gigantes colocados no exterior.
O corpo de Manuel Martins foi sepultado no cemitério, junto ao mosteiro.
O bispo emérito de Setúbal morreu no domingo aos 90 anos. A missa de sétimo dia será celebrada em 01 de outubro, pelas 16:00, na Sé de Setúbal.
Nascido em Leça do Balio, a 20 de janeiro de 1927, Manuel Martins foi o primeiro bispo de Setúbal, nomeado em 1974, e chegou a ser conhecido por "bispo vermelho", durante a crise dos anos 80, pelas denúncias que fez de situações de pobreza e de fome na região.
Foi pároco de Cedofeita, nos nove anos de exílio do bispo do Porto António Ferreira Gomes (1960-1969), durante o Estado Novo, e foi vigário geral após o regresso do prelado.
Em 1975, um ano após o 25 de Abril de 1974, Manuel Martins foi nomeado bispo da diocese de Setúbal, de onde só saiu 23 anos depois, em 1998.
Foi presidente da comissão episcopal da Ação Social e Caritativa e da Comissão Episcopal das Migrações e Turismo, e da secção portuguesa da Pax Christi.