De acordo com a agência espanhola EFE, entre os voos cancelados figuram 82 ligações aéreas que vão afetar 115.000 passageiros.
A companhia vai operar 2.100 dos 3.000 voos previstos, aproximadamente os mesmos do primeiro dia de greve.
Em Munique, um dos principais aeroportos internacionais da Alemanha, perto de Frankfurt, a maioria dos aviões ficou em terra.
Contudo, não se registaram incidentes, uma vez que muitos dos passageiros não foram para o aeroporto porque tinham sido avisados do cancelamento dos voos.
Da companhia Lufthansa só descolaram alguns aviões, para destinos como Hong Kong, Lisboa, Turim e Dresden.
A greve dos pilotos levou na quarta-feira à anulação de perto de 900 voos e a companhia anunciou o cancelamento de 912 voos previstos para hoje
A organização sindical disse que na sexta-feira a paralisação deverá afetar apenas os voos de curta distância com partida da Alemanha.
"A direção da Lufthansa não apresentou qualquer proposta que possa ser negociada", disse um porta-voz do sindicato citado pela agência Efe.
A Lufthansa pediu ao sindicato para aceitar um processo de mediação que ponha fim ao conflito salarial que começou em 2014.
Esta é a 14.ª greve dos pilotos da Lufthansa desde abril de 2014.
