Elmer Sosa precisou que a violência ocorreu na prisão de Granja Penal Canada, a cerca de 75 quilómetros a sul da capital.
"Coordenamos o inquérito com o ministério público sobre a morte de 16 presos numa rixa", declarou aos jornalistas, adiantando que as autoridades creem que se tratou de confrontos entre gangues rivais.
A polícia e o exército continuavam a tentar hoje recuperar o controlo da prisão, onde estão 3.092 presos.
Segundo Sosa, vários presos têm armas de fogo, o que impediu as forças de segurança de entrar.