A proposta sobre o local do encontro foi apoiada pelos Estados Unidos e pela Itália.
"Não seria muito elegante para os países ortodoxos discutirem em solo católico questões relacionadas com a eliminação das causas profundas" sobre o conflito na Ucrânia, disse Serguei Lavrov.
O ministro dos Negócios Estrangeiros da Rússia disse ainda que o próprio Vaticano provavelmente não se sentiria confortável se tivesse de receber as delegações.
As declarações de Lavrov ocorrem um dia depois de a Presidência da Rússia ter comunicado que não existe acordo sobre um eventual segundo encontro russo-ucraniano com vista ao cessar-fogo.
De acordo com o jornal norte-americano Wall Street Journal (WSJ), Donald Trump disse aos líderes europeus, a 19 de maio, que as próximas conversações de paz entre a Rússia e a Ucrânia teriam lugar no Vaticano.
O novo Papa Leão XIV já ofereceu "mediação" às partes.
Por outro lado, o Presidente finlandês, Alexander Stubb, disse à televisão pública finlandesa, na quarta-feira, que uma reunião técnica entre representantes russos e ucranianos poderia realizar-se no Vaticano.
Stubb acrescentou que o encontro poderia acontecer na próxima semana, na presença de observadores norte-americanos e de países europeus.
Leia Também: Negociações com Kyiv? "Ainda não há acordo concreto", afirma Kremlin
