O navio pertencente à Flotilha da Liberdade - organização de ativistas pró-palestinianos que reúne embarcações para enviar ajuda a Gaza - estava a tentar levar alimentos e suprimentos à população no enclave palestiniano, referiu o comunicado.
O Governo de Malta disse que 12 tripulantes e quatro civis estavam a bordo e que não houve vítimas.
Há dois meses, Israel bloqueou a entrada de qualquer ajuda humanitária em Gaza, provocando a pior crise humanitária em quase 19 meses de guerra entre Israel e o grupo islamita palestiniano Hamas no enclave.
O exército de Israel não respondeu a um pedido de comentário sobre o caso.
Um dos ativistas que há uma década está envolvido no trabalho da Flotilha, Charlie Andreasson, disse à agência de notícias Associated Press (AP) que falou com pessoas a bordo do navio que relataram duas explosões e um incêndio.
Embora as pessoas a bordo estivessem em segurança, Andreasson disse que havia o risco de o barco afundar, uma vez que o gerador foi atingido e o barco ficou imobilizado.
Durante uma tentativa de entrega de ajuda da Flotilha em 2010, quando esta quis romper o bloqueio imposto por Israel desde aquela altura à Faixa de Gaza, as forças israelitas invadiram o navio turco Mavi Marmara, matando nove pessoas a bordo.
O incidente levou a um colapso nas relações turco-israelitas.
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