As inundações em Sentani, a cerca de 20 quilómetros da capital da província de Jayapura, foram causadas por chuvas torrenciais no sábado.
"O número de vítimas e o impacto do desastre provavelmente aumentarão à medida que as equipas de resgate ainda tentam obter acesso a outras áreas afetadas", disse à agência de notícias France-Presse o porta-voz da agência, Sutopo Purwo Nugroho.
Dezenas de casas ficaram danificadas.
As inundações são comuns durante a estação das chuvas na Indonésia, de outubro a abril.
Em janeiro, pelo menos 70 pessoas morreram vítimas das inundações e de deslizamentos de terra no sul da ilha de Celebes.
Nas últimas semanas, centenas de pessoas tiveram que ser retiradas perto do rio Citarum, na província de Java Ocidental, devido a inundações.
