Cinco pessoas ficaram feridas com gravidade, segundo as mesmas fontes.
O acidente ocorreu quando a embarcação se aproximava da ilha de Sado (a norte de Tóquio), disse a guarda costeira local.
A embarcação terá aparentemente atingido uma baleia, uma vez que a presença destes mamíferos naquela zona é muito comum, disse um especialista em vida marinha, citado pela rádio pública NHK.
"Foi um grande choque", relatou um passageiro do ferry também em declarações à NHK.
Embora tenha sofrido danos na zona traseira, a embarcação, que transportava 121 passageiros e quatro tripulantes, conseguiu chegar ao seu destino pelos seus próprios meios, segundo a imprensa local.