Inaugurado em julho de 2015, o MMIPO foi o primeiro museu a ser instalado no centro histórico da cidade, e exibe o património da SCMP, recebido por herança ou por aquisições.
Na coleção acumulada desde o século XIV, destaca-se o quadro "Fons Vitae", de autor desconhecido, e a pintura de Josefa de Óbidos "A Sagrada Família com São João Batista, Santa Isabel e Anjos", adquirida em janeiro, pela Misericórdia, num leilão da Sotheby's, em Nova Iorque, por 250 mil dólares (cerca de 228 mil euros).
O percurso museológico integra ainda a Igreja da Misericórdia, construção do século XVI, que recebeu uma grande intervenção no século XVIII, protagonizada por Nicolau Nasoni, além da Galeria dos Benfeitores, exemplar da arquitetura do ferro e vidro da cidade.
Pensado pelo provedor da SCMP conde Samodães, há mais de cem anos, o Museu da Misericórdia do Porto foi instalado no edifício da rua das Flores que foi sede da instituição a partir de meados do século XVI até 2013.
No discurso da inauguração do Museu, o atual provedor, António Tavares, destacou o facto de o museu contribuir "de um modo decisivo para afirmar o processo de reabilitação" do centro histórico do Porto.
Além da coleção permanente, o museu acolhe atualmente, e até 03 de julho, a Escultura Virgem da Misericórdia, da autoria de João de Ruão, pertencente ao acervo do Museu Nacional Machado de Castro, classificada como "Tesouro Nacional".
Trata-se de um painel em calcário, datado de 1550, que pertenceu à frontaria da Misericórdia de Coimbra.
A escultura, em alto-relevo, representa a Virgem da Misericórdia, cujo manto protege várias figuras eclesiásticas e da nobreza.
Em 1959, esta peça já tinha estado na Santa Casa da Misericórdia do Porto, como parte integrante da exposição "A Rainha D. Leonor e a Misericórdia".
Além do prémio de Museu Português do ano, da Associação Portuguesa da Museologia (APOM), o Museu da Misericórdia do Porto foi igualmente distinguido com o Prémio Aquisição, pela compra da pintura de Josefa de Óbidos, e com o Prémio de Melhor Sítio na Internet.