Nascido em 1957, Rui Mateus Pereira fazia parte do Instituto de História Contemporânea (IHC) desde 2013, nomeadamente do grupo de investigação Economia, Sociedade, Património e Inovação, tendo como áreas de trabalho a história da antropologia colonial, o colonialismo, estudos africanos e antropologia colonial, como indica esta estrutura da Faculdade de Ciências Sociais e Humanas, da Universidade Nova de Lisboa, onde era professor.
Dirigiu o antigo Instituto Português do Livro e das Bibliotecas, do Ministério da Cultura, de 2001 a 2004, assumiu cargos de direção na Câmara de Lisboa, primeiro como diretor municipal de Cultura, entre 2004 e 2009, depois como diretor de Recursos Humanos, até 2011, seguindo-se a presidência do conselho diretivo do Instituto de Gestão Financeira e Equipamentos da Justiça (2012-2015).
Entre 1992 e 2001, fez parte da direção editorial de publicações periódicas na área da História e Antropologia, como as revistas Oceanos, da Comissão de Comemoração dos Descobrimentos Portugueses, Camões e Cadernos de Estudos Africanos.
Entre os seus trabalhos de investigação destacam-se "Morrer em Kionga, convalescer em Goba. O desastre sanitário da 'Expedição a Moçambique de 1916'", e "Uma visão colonial do racismo", do Centro de Estudos Africanos, do Instituto Superior de Ciências do Trabalho e da Empresa.
A sua tese de doutoramento, "Conhecer para dominar: o desenvolvimento do conhecimento antropológico na política colonial portuguesa em Moçambique, 1926-1959", que abordou a problemática do conhecimento antropológico e da política colonial portuguesa sob a ditadura do Estado Novo, "depressa se tornou uma referência para os estudiosos do colonialismo contemporâneo", segundo o IHC.
Em 2019, foi coautor do estudo "Descolonizar os Museus. Os novos desafios e práticas da Museologia Antropológica" (com a investigadora Vera Marques Alves), com o qual procurou examinar "a condição atual da relação entre a Antropologia e os museus, e a necessidade de descolonização dos conteúdos dos museus, reconstruindo a memória das relações entre o Ocidente e sociedades colonizadas".
O nome de Rui Mateus Pereira está igualmente associado a exposições como "A coleção de arte contemporânea africana de Pancho Guedes", que comissariou com Alexandre Pomar, para o Mercado de Santa Clara, em Lisboa (2011), e "África. Diálogo Mestiço", com base na Coleção de Arte Tribal de José de Guimarães, que levou ao Pateo da Galé, também na capital portuguesa, em 2009.
O investigador esteve na coordenação científica do projeto do Núcleo Museológico do Castelo de São Jorge (2007-2008) e na direção geral do Centenário da Vereação Republicana em Lisboa (1908-2008).
Foi comissário científico da mostra "Nas Vésperas do Mundo Moderno - sociedades africanas e brasileiras nos séculos XVI a XVIII", do Museu Nacional de Etnologia, em Lisboa (1992).
No âmbito das funções da Câmara de Lisboa, esteve envolvido num processo judicial, acusado de violação do dever de "imparcialidade", ao encomendar, por ajuste direto, um estudo sobre a Casa Fernando Pessoa, de que foi absolvido em primeira instância.
"Foi com imensa consternação que a direção do IHC tomou hoje conhecimento do falecimento do nosso colega Rui Mateus Pereira, vítima de doença prolongada. Era um antropólogo de formação com apurada sensibilidade histórica", escreveu o instituto na sua página na internet.
O IHC destaca um dos trabalhos mais recentes de Rui Mateus Pereira, a coordenação da obra "Centenário da Gripe Pneumónica. A Pandemia em Retrospetiva. Portugal 1918-1919" (com as investigadoras Helena da Silva e Filomena Bandeira, Inspeção-Geral das Atividades em Saúde, 2019).
