A decisão foi tomada pelo juiz Flávio Dino, que pediu a reabertura de vários aspetos de um processo que tinha sido arquivado pela Procuradoria-Geral da República em meados de 2022, quando Bolsonaro ainda estava no poder.
Na altura, o então procurador-geral, Augusto Aras, um homem fiel ao 'bolsonarismo', rejeitou o conteúdo de um relatório elaborado por uma comissão especial do Senado, que investigou a atuação do Governo perante a pandemia e detetou várias irregularidades.
À época, uma comissão parlamentar acusou Bolsonaro de nove crimes: prevaricação; charlatanismo; epidemia com resultado morte; infração a medidas sanitárias preventivas; emprego irregular de verba pública; incitação ao crime; falsificação de documentos particulares; crime de responsabilidade e crimes contra a humanidade.
Dino chegou ao Supremo em fevereiro, indicado pelo atual Presidente do Brasil, Lula da Silva, com quem exercia funções como ministro da Justiça desde janeiro de 2023.
Durante a pandemia, era governador do estado do Maranhão e, nessa altura, foi um crítico muito duro do negacionismo do Governo de Bolsonaro face à crise sanitária.
No despacho em que ordenou a reabertura do processo, afirmou que "a investigação parlamentar apontou indícios de crimes contra a administração pública, sobretudo em contratos, fraudes em concursos públicos, sobrepreços, desvio de recursos públicos, assinatura de contratos com empresas de fachada", entre muitos outros.
Algumas dessas situações referem-se à compra de medicamentos supostamente eficazes contra a covid-19, mas que acabaram por se revelar ineficazes e que, ainda assim, foram adquiridos pelo Governo e distribuídos na rede pública de saúde, como a cloroquina.
A decisão de Dino, que deu um prazo de 60 dias para que a Polícia Federal investigue o caso, foi anunciada uma semana depois da Primeira Turma do Supremo Tribunal Federal (STF), da qual o magistrado faz parte, ter condenado Bolsonaro a 27 anos e três meses de prisão por atentar contra o Estado democrático de Direito.
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