Segundo a Organização Internacional para as Migrações (OIM), agência da ONU com sede em Genebra, os migrantes faziam parte de um grupo de 150 pessoas que foram forçadas por contrabandistas a desembarcar de um barco e nadar até a costa na quinta-feira.
Os migrantes foram encontrados no deserto por equipas de patrulha da OIM e levados para um centro de resposta a migrantes, referiu a organização humanitária em comunicado.
A OIM e as autoridades do Djibuti continuam com uma operação de busca e salvamento para encontrar os migrantes desaparecidos.
"Cada vida perdida no mar é uma tragédia que nunca deveria acontecer", disse a diretora regional da OIM para a África Oriental, Corno de África e África Austral.
Celestine Frantz disse que os migrantes foram "forçados a escolhas impossíveis por contrabandistas que não demonstram qualquer respeito pela vida humana".
Milhares de migrantes de países africanos, do Médio Oriente e do sul da Ásia que procuram uma vida melhor na Europa tentam a migração irregular todos os anos. Os contrabandistas enchem embarcações com pessoas desesperadas dispostas a arriscar as suas vidas para chegar à Europa continental.
A maioria das embarcações leva os migrantes através do Mar Vermelho até aos países do Golfo, antes de prosseguirem para os países europeus.
O Iémen é uma rota importante para os migrantes da África Oriental e do Corno de África que tentam chegar aos países do Golfo para trabalhar, com centenas de milhares a tentarem a rota todos os anos.
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