Os restos mortais de Yehuda Guetta, 19 anos, foram transportados por entre a multidão por soldados e familiares.
Ghetta foi baleado juntamente com outros dois jovens quando se encontrava numa paragem de autocarro no cruzamento de Tapuah, ao sul de Nablus.
Os três israelitas foram identificados como estudantes de uma escola talmúdica no colonato vizinho de Itamar.
Os tiros foram disparados de um carro e o ministro da Defesa, Benny Gantz, disse que o ataque foi realizado por "terroristas".
Segundo o exército israelita, o tiroteio é típico de um ataque de ativistas palestinianos.
Na quarta-feira, o exército israelita deteve perto de Ramallah, na Cisjordânia, o presumível autor do ataque. As forças israelitas disseram que se trata de Montasser Shalabi, 44 anos, e que "não pertence a uma organização terrorista".
Segundo fontes palestinianas, Shalabi tem também nacionalidade norte-americana.
O primeiro-ministro israelita, Benjamin Netanyahu, felicitou hoje as forças de segurança "pela sua ação rápida e determinada que levou à detenção do desprezível terrorista que assassinou Yehuda".
Nenhum grupo palestiniano reivindicou o ataque na Cisjordânia, território palestiniano ocupado por Israel desde 1967.
"Expresso as minhas mais profundas condolências à família de Yehuda Ghetta", disse Netanyahu através da rede social Facebook, adiantando que, em "tempos difíceis" como este, "toda a nação de Israel" está com eles e partilha a "sua grande dor".
A morte de Guetta ocorreu numa altura de aumento da violência na zona, que coincide com o mês islâmico sagrado do Ramadão.
Na quarta-feira, soldados israelitas mataram a tiro um palestiniano de 16 anos durante confrontos na aldeia de Odla, perto de Nablus. Os militares disseram que vários palestinianos estavam a atirar-lhes engenhos incendiários.
Nos últimos dias, manifestantes enfrentaram a polícia em Jerusalém Oriental devido a ameaças de despejo de dezenas de palestinianos de um bairro da zona, Sheikh Jarrah.
Várias famílias palestinianas de Sheikh Jarrah estão envolvidas numa longa batalha legal com grupos de colonos israelitas que tentam conseguir propriedades no bairro.
O serviço médico do Crescente Vermelho palestiniano disse que várias pessoas ficaram feridas nos confrontos de quarta-feira em Sheikh Jarrah, incluindo três atingidas com balas de borracha.
A polícia israelita deu conta de cinco detenções.
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