Os 27 sobreviventes foram hospitalizados, disseram os bombeiros de San Diego.
"Era um barco de contrabandistas", suspeito de transporte ilegal de migrantes para os Estados Unidos, disse um porta-voz da polícia de fronteiras norte-americana.
Um homem suspeito de ser o piloto do barco estava a ser interrogado, acrescentou Jeffrey Stephenson.
"Os contrabandistas não se preocupam com as pessoas que exploram. Tudo o que lhes interessa é o lucro. O equipamento de segurança era inadequado e, obviamente, o barco estava gravemente sobrelotado", disse.
A embarcação, com 12 metros de comprimento, naufragou junto à costa, de San Diego, levando os ocupantes a saltar para a água, de acordo com vídeos de testemunhas.
Os Estados Unidos enfrentam um pico nas travessias ilegais na fronteira com o México.
Em março, as autoridades norte-americanas detiveram 172 mil pessoas, um número que não se registava há 15 anos.
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