"Hoje é um dia simbólico e significativo, não só pelo aspeto cultural que encerra, mas também porque fechamos mais uma ferida do 20 de fevereiro de 2010", disse o presidente da Câmara Municipal do Funchal, Paulo Cafôfo, eleito pela coligação "Mudança", referindo-se à intempérie que casou 46 mortos, seis desaparecidos e 1.080 milhões de euros de prejuízos.
O acervo do museu reabilitado apresenta não só o espólio da Casa de João Esmeraldo, que traduz a importância do Funchal no ciclo do açúcar, mas também obras do Solar D. Mécia e do Colégio dos Jesuítas.
O processo de reabilitação, a cargo da Câmara Municipal do Funchal, representou um investimento de 150 mil euros.
O Museu A Cidade do Açúcar foi inaugurado a 15 de junho de 1996, no espaço onde antes se erguia a casa manuelina de João Esmeraldo - flamengo que se instalou na Madeira no final do século XV para produzir e negociar açúcar.
Em 2010, o equipamento foi atingido pelas enxurradas do temporal desse ano.
A maior parte das peças, porém, encontrava-se na altura em Lisboa na exposição "Obras de Referência dos Museus da Madeira - 500 Anos de História do Arquipélago", patente na Galeria de Pintura do Rei D. Luís I do Palácio da Ajuda.
Aida assim, as águas que irromperam pela cave do edifício danificaram algumas peças, como antigos selos de chumbo da Alfândega do Funchal e três porcelanas chinesas e dois contadores, um indo-português e outro alemão, dos séculos XVI e XVII.
As escavações arqueológicas de 1989 puseram a descoberto um vasto espólio de testemunhos da vida quotidiana entre o século XVI e XVII, parte da qual faz parte do acervo do museu, como as formas de açúcar, a faiança portuguesa e ceitis do reinado de D. Afonso V.
O museu é ainda detentor de um raro conjunto de medidas manuelinas, contadores e objetos em prata lavrada com o brasão de armas da cidade do Funchal.
As primeiras intervenções arqueológicas da cidade do Funchal foram realizadas entre julho e outubro de 1989, com o objetivo de encontrar as estruturas das casas, edificadas no final do século XV, pertença do mercador flamengo João Esmeraldo.
Foram então encontrados fragmentos de cerâmica portuguesa dos séculos XV, XVI e XVII, como aranhões, anforetas, bilhas, escudelas e malgas, assim como cachimbos, selos de chumbo, moedas, botões ou balas de mosquete.
Foi também possível localizar nesta área celeiros enterrados, do tipo silo, com materiais dos séculos XV, XVI e XVII.