Em 2024 trocou o Parlamento Europeu, onde se posicionava entre os mais influentes eurodeputados, para ser ministro da Agricultura e Pescas, pasta que já lhe era familiar.
Pouco depois de ter assumido o cargo, José Manuel Fernandes apontou a existência de um problema no setor do vinho, com as dificuldades de escoamento a pressionarem os produtores nacionais, alertando que os apoios de Bruxelas constituíam apenas um "paliativo".
O antigo eurodeputado criticou também os constantes ataques ao consumo moderado de vinho, que classificou como inaceitáveis, afirmando: "Até a missa não se faz sem o vinho".
Assumido defensor da dieta mediterrânea, José Manuel Fernandes chegou a ser desafiado pelo PAN a aderir às segundas-feiras sem carne, afirmando estar disponível para um menu vegan, se a porta-voz do partido comesse uma francesinha de carne barrosã.
Apesar de ter deixado Bruxelas, o ministro, natural de Vila Verde, em Braga, continuou atento aos temas europeus e mostrou-se, recentemente, contra a destruição da Política Agrícola Comum (PAC), com a possibilidade de reunir num só fundo os dois pilares de ajuda aos agricultores.
Para o ministro, é importante que se mantenham os dois pilares na próxima PAC (2028-2034) -- ajudas diretas aos agricultores e os auxílios ao desenvolvimento rural -- e com um financiamento que deve ser atualizado num mínimo de 2% ao ano, face ao último orçamento.
No que diz respeito às negociações das tarifas com os Estados Unidos, o governante tem vindo a recomendar calma e união ao bloco europeu, referindo que a divisão será "preocupante para todos os países".
Nas suas várias intervenções enquanto ministro, José Manuel Fernandes tem falado da importância da agricultura, setor que diz ser estratégico e estrutural, e dos agricultores, mas também abordou a necessidade de se criarem planos de contingência face à possibilidade de surgirem novas pragas, pandemias ou apagões.
Entre as problemáticas sobre as quais se debruçou estão também a falta de seguros para a agricultura no país, a natalidade e os emigrantes, "uma mais-valia" para Portugal e para os países nos quais trabalham.
O ministro da Agricultura também pediu aos agricultores para que não se relaxem na entrega de candidaturas a apoios do Estado, sobretudo quando existem prorrogações de prazos.
"Há aqui um pedido que eu faço. Nós estamos sempre a prolongar, é importante que não se relaxe", afirmou o governante, em declarações aos jornalistas, à margem de uma visita à feira agropecuária Ovibeja, após um alargamento do prazo das candidaturas ao Pedido Único 2025.
Durante o seu mandato, foi também alvo de criticas por parte do setor, que o acusou de não ter adotado medidas para ajudar os viticultores durienses pela quebra de rendimento ou de ter deixado de fora uma grande parte dos produtores nos apoios face à língua azul.
José Manuel Fernandes, que nasceu em 1967, é licenciado em Engenharia de Sistemas e Informática pela Universidade do Minho.
Enquanto eurodeputado, cargo que ocupou em 2009, abraçou temas como a agricultura, alterações climáticas, perda de biodiversidade e a degradação dos serviços ecossistémicos, mas também a defesa dos produtos locais e das tradições.
O minhoto foi eleito um dos deputados do Parlamento Europeu mais influentes, segundo o 'ranking' BWC EU Influence.
Em 2023, recebeu a condecoração da ordem de Rio Branco no grau de grande oficial pelas mãos do embaixador do Brasil na União Europeia. Esta distinção reconhece o trabalho realizado enquanto presidente da delegação parlamentar para as relações da União Europeia com a República Federativa do Brasil.
O governante integrou o Conselho Geral da Comissão de Coordenação da Região Norte e o Conselho Geral da Associação Nacional de Municípios Portugueses.
José Manuel Fernandes foi também presidente da JSD -Juventude Social Democrata de Vila Verde (1992-1993), líder da comissão política distrital de Braga da JSD (1994-1996) e presidente da Câmara Municipal de Vila Verde (1998).
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