Além da maioria da zona costeira, está ainda proibida a apanha e captura de bivalves, com vista à comercialização e consumo, no estuário do Lima, na ria de Aveiro e no estuário do Tejo.
Já nos estuários do Minho e do Mondego, na Lagoa de Óbidos, na Lagoa de Albufeira, no estuário do Sado, no estuário do Mira, nos rios Alvor e Arade, e na ria Formosa (Faro-Olhão e Tavira-Vila Real de Santo António) não existe qualquer interdição.
O IPMA justifica as proibições com "a presença de fitoplâncton produtor de toxinas marinhas ou de níveis de toxinas acima dos valores regulamentares".
Ainda assim, mesmo nos locais onde está proibida da apanha de bivalves, há algumas exceções consoante as espécies em causa.
Deste modo, no litoral de Matosinhos, tal como no de Aveiro, é possível apanhar amêijoa-branca. Na ria de Aveiro é legal apanhar amêijoa-japonesa, berbigão e ostra (em zonas específicas).
No estuário do Mondego é permitida a captura de berbigão e lambujinha, no litoral de Lisboa, em Peniche, é possível apanhar navalha e castanhola, no Tejo o mexilhão pode ser apanhado e, em Sines, a captura da conquilha é autorizada.
