Esta fase processual facultativa funciona como um mecanismo de controlo jurisdicional da acusação do Ministério Público e conclui-se com a decisão do juiz de levar ou não a julgamento os arguidos e os termos em que isso acontece.

A fase de instrução foi requerida por 19 dos 28 arguidos, entre os quais o ex-primeiro-ministro José Sócrates, o ex-ministro Armando Vara, os ex-administradores da PT Henrique Granadeiro e Zeinal Bava e o empresário Carlos Santos Silva.

Calendarização das diligências da fase de instrução já definidas pelo juiz até maio:

- 28 janeiro, às 14:00 -- Interrogatório da arguida Bárbara Vara

- 29 de janeiro, às 14:00 -- interrogatório de Armando Vara

- 30 de janeiro, às 14:00 -- inquirição das testemunhas Maria Isabel Telo Figueira (mulher de Armando Vara e mãe de Bárbara Vara), Sérgio Bandeira Rodrigues, Teresa Lurdes Vicente Carrapatoso, João Carlos da Costa Ferreira da Silva.

- 25 fevereiro, às 14:00 -- Interrogatório de Sofia Fava, ex-mulher de José Sócrates

- 26 fevereiro, às 14:00 -- inquirição de testemunhas Tiago Meira, Vítor Tavares, Carlos Miguel Carvalho

- 27 fevereiro, às 14:00 -- testemunhas Raul Armando Ferreira de Carvalho, Luís Miguel Damas

- 28 fevereiro, às 14:00 -- inquirição do arguido José Paulo Bernardo Pinto de Sousa, primo de José Sócrates

- 25 de março, às 14:00 -- testemunhas António Menezes Cordeiro, António Mendonça, Luís Sousa Macedo arroladas pelo arguido Henrique Granadeiro, ex-presidente da PT

- 26 de março, 14:00 -- testemunhas Rodrigo Costa, Rita Sampaio Nunes e Jorge Tomé de Henrique Granadeiro

- 27 de março, às 14:00 -- testemunhas João Pedro Guimarães, Nuno Mimoso, Adília Lopes

- 28 março, às 14:00 - Gerald McGown, João Pedro Amadeu Baptista, Pedro Esteves Carvalho

- 29 março, às 14:00 - Carlos Slim Helú (magnata mexicano), Ricardo Knoepfelmacher, Hélio Calixto Costa

- 23 de abril, às 14:00 -- interrogatório do arguido Rui Mão de Ferro

- 24 abril - inquirição dos arguidos Inês Rosário, Gonçalo Trindade e Joaquim Barroca, caso aceitem depor tal como solicitado por Rui Mão de Ferro

- 26 abril, às 14:00 - testemunhas Jorge Alexandre ramalhete da Cruz, Gina Lopes da Cruz, Carla Sofia Ponte, Romeu Simões

- 29 abril, às 14:00 - António Peixoto, António Mega Peixoto, Domingos Farinho, Jane Kirky

- 27 maio, às 14:00, inspetores da Autoridade Tributária Luís Flora e Paulo Silva a pedido do arguido Carlos Santos Silva.