A proibição, que foi anunciada na quarta-feira, entra em vigor na segunda-feira, e pode dar uma janela temporal que pode amenizar o caos que se desenrolou nos aeroportos de todo o país quando uma medida semelhante entrou em vigor praticamente sem aviso prévio em 2017.
Trump, que deu a entender que planeava uma nova proibição ao tomar posse novamente em janeiro, parece estar em terreno mais firme desta vez, depois de o Supremo Tribunal lhe ter dado razão.
Os 12 países - Afeganistão, Myanmar, Chade, República do Congo, Guiné Equatorial, Eritreia, Haiti, Irão, Líbia, Somália, Sudão e Iémen - incluem algumas das nações mais pobres do mundo.
Outros sete países - Burundi, Cuba, Laos, Serra Leoa, Togo, Turquemenistão e Venezuela - enfrentam agora restrições de viagem reforçadas.
Na nação centro-africana do Chade, o Presidente Mahamat Deby Itno anunciou que o seu país responderia suspendendo os vistos para os cidadãos dos EUA "de acordo com os princípios da reciprocidade".
Numa publicação no Facebook, o Presidente do Chade observou que a sua nação, que enfrenta uma pobreza generalizada, não podia oferecer presentes e fez uma referência pouco velada ao facto de o Qatar ter dado a Trump um luxuoso Boeing 747 para usar como Air Force One.
"O Chade não tem aviões para oferecer, nem biliões de dólares para dar, mas o Chade tem a sua dignidade e orgulho", acrescentou.
Alguns outros países africanos foram mais conciliadores, com o ministro da Informação da Serra Leoa, Chernor Bah, a dizer que o país "vai trabalhar com as autoridades americanas" para responder às preocupações da Casa Branca.
Alguns dos 12 países já constavam da lista de proibições no primeiro mandato de Trump.
A Coreia do Norte e a Síria, que constavam da lista na primeira administração, foram poupadas desta vez.
Embora muitos dos países listados enviem poucas pessoas para os Estados Unidos, o Haiti, Cuba e Venezuela têm sido grandes fontes de imigração nos últimos anos.
Na Venezuela, o Governo do Presidente Nicolás Maduro condenou a medida, chamando-a de "campanha de estigmatização e criminalização" contra os venezuelanos.
"O que aconteceu não é um incidente isolado, mas sim uma nova demonstração do ódio visceral contra o povo venezuelano que inspira aqueles que atualmente conduzem a política externa de Washington", de acordo com um comunicado.
Trump associou a nova proibição ao ataque com lança-chamas ocorrido no domingo em Boulder, no Colorado, afirmando que o facto sublinhava os perigos colocados por alguns visitantes que ultrapassam o período de validade dos vistos.
O suspeito é do Egito, que não consta da lista de restrições de Trump, com o Departamento de Segurança Interna a afirmar que o suspeito ultrapassou o prazo de validade de um visto de turista.
A proibição de viajar resulta de uma ordem executiva de 20 de janeiro, emitida por Trump, que exige que as agências governamentais compilem um relatório sobre "atitudes hostis" em relação aos EUA e se a entrada de determinados países representa um risco para a segurança nacional.
Trump disse que alguns países tinham uma triagem "deficiente" para passaportes e outros documentos públicos ou se recusaram historicamente a aceitar seus próprios cidadãos. Baseou-se em grande medida num relatório anual da Segurança Interna sobre as pessoas que permanecem nos EUA depois de os seus vistos terem expirado.
A medição das taxas de permanência excessiva tem sido um desafio para os especialistas há décadas, mas o governo tem feito uma tentativa limitada anualmente desde 2016. A proclamação de Trump cita taxas de permanência excessiva para oito dos 12 países proibidos.
A lista de Trump inclui muitos dos mais flagrantes infratores de excesso de permanência, mas omite muitos outros.
As conclusões são "baseadas em dados incompletos e num conceito equivocado de punição coletiva", disse Doug Rand, ex-funcionário da administração Biden nos Serviços de Cidadania e Imigração dos EUA.
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