O antigo professor universitário morreu na Holanda, onde vivia exilado desde a suspensão das conversações de paz em 1987, quando a rebelião, que deixou dezenas de milhares de mortos, estava no auge.
Sison morreu "depois de duas semanas de convalescença num hospital em Utrecht", disse o Partido Comunista das Filipinas, em comunicado, sem especificar a causa de morte.
"O proletariado e os trabalhadores filipinos lamentam a morte do seu professor e (líder)", acrescentou.
Joé Maria Sison tentou derrubar o governo filipino para estabelecer um regime comunista ao estilo maoista, com o qual pretendia acabar com "o imperialismo americano" na antiga colónia norte-americana.
A luta armada, em curso desde 1969, cresceu a partir do movimento comunista global e encontrou terreno fértil nas Filipinas e nas desigualdades gritantes entre ricos e pobres.
O movimento rebelde cresceu sob a ditadura de Ferdinand Marcos (1972-1986), durante a qual milhares de opositores foram torturados ou mortos.
No auge, nos anos de 1980, a organização tinha cerca de 26 mil combatentes. Atualmente, ronda alguns milhares, de acordo com o exército filipino.
Desde 1986, sucessivos governos filipinos têm mantido conversações de paz com os comunistas através do braço político, Frente Nacional Democrática (NDF), baseada nos Países Baixos.
À medida que a rebelião enfraqueceu, os líderes partidários procuraram formar um governo de coligação com o ex-Presidente Rodrigo Duterte.
As conversações de paz foram realizadas na esperança de pôr fim à rebelião, mas Duterte suspendeu as negociações em 2017, por considerar o movimento uma "organização terrorista", que acusou de matar polícias e soldados enquanto decorriam as reuniões.
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