Alaa Hamdan, 28 anos, foi atingido mortalmente no peito, perto de Jabaliya, no norte da Faixa de Gaza, disse Achraf al-Qudra, porta-voz do ministério.
Cinco outros palestinianos foram feridos por balas, adiantou o ministério.
Um porta-voz do exército israelita indicou que cerca de 5.800 manifestantes se concentraram em diferentes locais perto da barreira de segurança, alguns dos quais lançaram pedras e engenhos explosivos contra os soldados israelitas do outro lado da vedação.
Desde março de 2018 que a Faixa de Gaza é palco de manifestações semanais junto à barreira fronteiriça, para exigir nomeadamente o levantamento do bloqueio israelita ao enclave com mais de 10 anos.
Os protestos têm gerado confrontos e pelo menos 310 palestinianos já foram mortos, a maioria por tiros israelitas durante as manifestações e outros em ataques aéreos de Israel em represália por atos hostis com origem no enclave.
Oito israelitas morreram no mesmo âmbito.
Israel e o Hamas já travaram três guerras desde 2008.