Os navios entraram na quarta-feira no estreito pela entrada sudoeste, de acordo com uma indicação do Ministério, que não especificou a identidade destes barcos.
O Estreito de Taiwan fica localizado no Mar da China Meridional.
O exército taiwanês "vigia de perto todo o processo e movimentos no espaço aéreo e nos mares vizinhos, de acordo com os protocolos destinados a manter a paz e a estabilidade na região", referiu o Ministério.
A Marinha dos EUA conduz rotineiramente as chamadas operações de "liberdade de navegação" no estreito que separa a China continental de Taiwan, o que tem causado respostas musculadas de Pequim.
De acordo com os media de Taiwan, a passagem dos navios norte-americanos na quarta-feira é a quinta desde o começo do ano.
Os Chineses consideram Taiwan como parte de seu território.
No entanto, a ilha tem desde 1949 um Governo independente, que foi formado após a guerra civil e a implantação do comunismo na China.
Taiwan tem a sua própria bandeira e moeda, mas não é reconhecida como um estado independente pela ONU.
Pequim ameaça recorrer à força em caso de proclamação de independência da ilha ou de uma intervenção externa.
Neste contexto, Pequim considera a passagem de navios estrangeiros no estreito como uma violação da sua soberania.
Os EUA e outros países, no entanto, veem este braço do mar como parte de águas internacionais e, portanto, aberto a todos.
A entrada de uma fragata francesa no estreito, no início de abril, deu origem a um incidente naval entre a França e a China, quando os navios chineses "ordenaram a partida do navio francês".
Washington rompeu relações diplomáticas com Taipei em 1979 para reconhecer Pequim, mas continua a ser o aliado mais poderoso da ilha e o seu principal fornecedor de armas.