O número de presos perdoados não foi divulgado, mas anteriores informações sugeriam que poderiam ser cerca de 50.000, o maior número abrangido por uma única amnistia.
Alguns presos serão libertados, enquanto outros terão as penas reduzidas.
O Irão está a celebrar a revolução de 1979, que destituiu uma monarquia apoiada pelo Ocidente e deu início a quatro décadas de um regime religioso.
Khamenei, que emitiu o decreto, tem a palavra final em todas as principais políticas.
O país tem cerca de 240.000 presos e tem detidos vários cidadãos com nacionalidades ocidentais acusados de ameaçarem a segurança nacional.
Desconhece-se se algum deles está incluído na amnistia.
