O'Reilly, que chegou ao Chile em 1984, era uma personalidade conhecida tendo recebido em 2008 a nacionalidade chilena, que lhe foi retirada em 2015 na sequência do escândalo.
Em novembro de 2014 foi condenado pela justiça e em 2017 foi emitido um decreto de expulsão do país assim que cumprisse a pena, o que ocorreu hoje.
O'Reilly foi oficialmente notificado da conclusão de sua sentença na quinta-feira, tendo-lhe sido dadas 72 horas para deixar o Chile.
Embora tenha sido dito que tentaria reverter a ordem de expulsão através de um recurso (habeas corpus) isso não aconteceu.
O padre chegou discretamente ao aeroporto internacional de Santiago e teve acesso às salas VIP para completar procedimentos de partida antes de embarcar num voo da Alitalia para Roma.
John O´Reily estava acompanhado por Gabriel Bárcena, superior da congregação do Chile e da Argentina.
Numa declaração oficial, o escritório internacional de comunicação dos Legionários de Cristo informou que "o diretor geral da Congregação instruiu o padre John O'Reilly a mudar-se para a casa dos Legionários de Cristo na Via Aurélia, em Roma, Itália, assim que a sua presença no Chile não fosse mais necessária".
"A Legião de Cristo colaborou e continuará a cooperar com as respetivas autoridades em processos civis e canónicos", acrescentou a ordem católica fundada em 1941 por Marcial Maciel, também condenado por abuso sexual.
"Como congregação, estamos profundamente angustiados com o sofrimento que esses eventos causaram", disse a ordem, em relação aos crimes cometidos por O'Reilly.
Fontes da congregação disseram que O'Reilly não exercerá o ministério sacerdotal público na Itália enquanto espera pela sentença de um processo canónico que está em curso no Vaticano.
No Chile, a Igreja Católica está a passar por uma crise devido a casos de abuso sexual que atingiram vários bispos.
Segundo fontes da agência de notícias espanhola Efe, até 5 de novembro, foram abertas 139 investigações envolvendo 190 pessoas ligadas à Igreja Católica e 245 vítimas.