A polícia cipriota declarou que Seif Eddin Mustafa embarcou num voo da EgyptAir que descolou para o Egito.
O procurador do Egito Nabil Sadek declarou que o sequestrador já se encontra sob custódia das autoridades egípcias.
O ministro da Justiça do Chipre, Ionas Nicolaou, disse à agência de notícias Associated Press (AP) que a extradição de Mustafa ocorreu depois de o sequestrador ter desistido da luta legal para evitar a sua extradição.
Doros Polycarpou, do grupo de apoio a imigrantes KISA e que auxiliou Mustafa, disse à AP que o homem de 62 anos decidiu por sua própria vontade retornar ao Egito e enfrentar um processo naquele país, apesar dos temores de que possa ser torturado.
No ano passado, o Tribunal Europeu dos Direitos Humanos impediu o Chipre de extraditar Mustafa até poder examinar o caso.
Seif Eddin Mustafa disse inicialmente às autoridades cipirotas que teria sequestrado o avião, com recurso a um colete explosivo falso, para protestar contra o Governo do Egito.
Posteriormente, afirmou às autoridades que apenas se queria reunir após 24 anos com a família distante que tem no Chipre.